มาอีกแล้วสำหรับอันดับประจำปี รอบนี้ Amazon Japan ได้จัดอันดับซีดีที่ขายดีที่สุดประจำปี 2016 โดยนับยอดขายตั้งแต่วันที่ 16 พฤศจิกายน 2016 – 13 พฤศจิกายน 2016 การนับคะแนนในครั้งนี้จะไม่มีการแบ่งประเภท เพราะฉะนั้นในชาร์ตจะรวมการขายซีดีทั้งรูปแบบของอัลบัมและซิงเกิ้ล ไว้ด้วยกัน
อันดับ 1 ตกเป็นของเจ้าแม่แห่งวงการเพลงป๊อบอย่างอุทาดะ ฮิคารุ (Utada Hikaru) ซึ่งถือว่าเป็นการหวนกลับเข้าสู่วงการเพลงอย่างยิ่งใหญ่ เพราะชื่อของเธอและอัลบัม Fantome ติดทุกอันดับชาร์ตในญี่ปุ่น ในขณะที่อันดับ 2 ตกเป็นของไอดอลระดับชาติอย่างอาราชิ (Arashi) ซึ่งพาอัลบัม Are You Happy? อัลบัมใหม่ล่าสุดที่วางขายเมื่อปลายเดือนตุลาคม 2016 ติดชาร์ตขึ้นสู่อันดับที่ 2 อย่างรวดเร็ว ไฮไลท์เพิ่มเติมคืออันดับที่ 4 ซิงเกิ้ล Sekai ni hitotsu dake no hana ของ SMAP กลับมาติดชาร์ตหลังจากที่วางขายไปเมื่อปี 2003 เนื่องจากการทำโปรเจค 3 ล้านแผ่นของแฟนๆ ติดตามอันดับต่างๆได้ดังต่อไปนี้
- Fantome – Utada Hikaru
- Are You Happy? – Arashi
- THE JSB LEGACY – Sandaime J Soul Brothers from EXILE TRIBE
- Sekai ni hitotsu dake no hana – SMAP
- Fukkatsu LOVE – Arashi
- Ano hi ano toki – Oda Kazumasa
- Kimi no na wa – RADWIMPS
- I SCREAM – Kis-My-Ft2
- I seek / Daylight (first-press version 1) – Arashi
- Power of the Paradise – Arashi
- HiGH & LOW ORIGINAL BEST ALBUM – Various Artists
- I seek / Daylight (first-press version 2) – Arashi
- METAL RESISTANCE – BABYMETAL
- COSMIC EXPLORER – Perfume
- Hakkin no Yoake – Momoiro Clover Z
- AMARANTHUS – Momoiro Clover Z
- Butterflies – BUMP OF CHICKEN
- Just LOVE – Nishino Kana
- Fuku no Oto – Fukuyama Masaharu
- Chandelier – back number
